Berbekal gelar sarjana (S1) jurusan tanah dari Institut Pertanian Bogor pada 1994, Puji Lestari bergabung dengan BB Biogen (saat itu Balittan) sebagai peneliti honorer. Bidang penelitian yang ditekuni adalah mikrobiologi dan bioproses. Hingga pada 2006 mendapat kesempatan melanjutkan sekolah S2 di IPB. Tesis master yang dipilih tidak jauh dari bidang enzimatik khususnya enzim amilase yang penting dalam hidrolisis pati.
Hingga meraih gelar S2, Dr Puji Lestari merasa kegiatan biologi molekuler belum banyak dipelajarinya. Pada 2002, Puji memperoleh peluang beasiswa melanjutkan studi di Seoul National University (SNU), Korea Selatan.
Saat menginjak jenjang S3, Puji melakukan identifikasi gen yang mengontrol nodulasi pada kedelai mutan nodul super dengan teknik cDNA AFLP. Penemuan penting dalam studi ini adalah identifikasi gen yang mengontrol nodulasi biasanya memerlukan waktu lama karena proses fine mapping atau pendekatan lain. Namun Puji berhasil saat itu dapat menyelesaikan dalam waktu 3 tahun.
Sejumlah karya tulis ilmiah hasil penelitian selama S3 telah dipublikasikan dalam jurnal internasional. Bekal ilmu S3 dan keinginan kuat mendalami ilmu biologi molekuler mendorong Puji melanjutkan Post Doctoral di universitas sama (SNU) pada 2006 hingga 2010. Dalam program ini Puji melakukan pengembangan kit marka molekuler terkait mutu rasa nasi japonica dan indica. Sebuah kit deteksi mutu rasa beras japonica berbasis marka molekuler telah digunakan untuk servis analisis umum di SNU dalam seleksi galur-galur pemuliaan secara cepat waktu itu meski tidak dipatenkan.
Tahun 2011 Puji mendapat penghargaa dari Islamic Development Bank (IDB) setelah melalui beberapa fase seleksi. Hal ini membuka kesempatan melakukan program penelitian di SNU kembali dengan anggaran dari IDB. Puji kemudian mulai mencoba melakukan penelitian bidang genomik yang waktu itu khusus untuk komoditas kedelai dan kacang merah. Marka molekuler (SNP) dari genom kacang merah berhasil dikembangkan dan divalidasi.
Ribuan marka SNP berbasis genom kedelai berhasil didesain dan telah dapat diakses di Pusat Genom Indonesia (PGI) pada web www.genom.litbang.pertanian.go.id. Penelitian pengembangan marka molekuler terus berlanjut dan menjadi dasar untuk dilanjutkan pada satu tahun berikutnya. Kesempatan melakukan komunikasi ilmiah/seminar internasional di luar Korea Selatan cukup tinggi sehingga sangat berperan dalam membantu pengembangan diri dan meningkatkan pengalaman di bidang biologi molekuler dan genomiknya. Sejumlah publikasi internasional hasil post doctoral dapat diakses publik. Kesempatan membuat jaringan internasional juga mulai diinisiasi.
Kembali ke Indonesia pada 2014, Puji bergabung dalam tim genom BB Biogen. Dia lebih memilih untuk pengembangan marka molekuler baik berdasarkan variasi dalam genom maupun gen spesifik terkait karakter penting baik di tanaman ataupun hewan. Genomik yang merupakan ilmu komplek dibuat menjadi lebih sederhana oleh Puji, khususnya dalam aplikasinya.
Penemuan yang cukup menjanjikan saat ini adalah bersama tim BB Biogen dan mitra telah berhasil mengembangkan knowledge exchange platform yaitu Pusat Genom Indonesia (PGI) dan telah mendapat hak cipta pada 2018.
Platform tersebut telah diperkenalkan ke World Intellectual Property Organization (WIPO) dan mendapat apresiasi selama training HKI di Swedia beberapa waktu lalu. Puji dengan tim telah berhasil mengembangkan kit deteksi aren genjah yang penting dalam membantu petani untuk seleksi bibit aren tanpa harus menunggu tahunan dalam produksi nira, namun cukup dideteksi dengan kit marka ini dalam waktu singkat menggunakan daun aren pada fase bibit.
Kit deteksi telah didaftarkan ke Dirjen HKI dan saat ini dalam proses paten. Beberapa kit deteksi lain di bidang pertanian, perkebunan dan peternakan menanti penyelesaian dan dipatenkan. Dalam waktu dekat, bersama kolega akan mempublikasikan genom aren pertama di dunia dan semoga menjadikan Indonesia terangkat namanya di mata dunia. Rencana tahun ini akan melepas salah satu aren lokal asli Indonesia yang didukung dengan analisis molekuler.
Puji dipercaya menjadi penanggung jawab proyek penelitian baik dari APBN maupun kerjasama nasional dan tim inti proyek internasional. Sekaligus menjadi juru bicara dalam proyek BSF-ITPGRFA/FAO dengan topik co-development dan transfer of rice technologies yang melibatkan negara mitra seperti Laos, Malaysia dan Pilipina, dimana BB Biogen sebagai koordinator.
Khusus substansi penelitian, topik yang diusung tak lepas dari analisis genomik dan pengembangan/aplikasi marka molekuler di padi yang saling ditransfer antar negara mitra.
Beberapa penghargaan telah diperoleh Puji terkait dengan bidang keahlian dan ketekunannya. Tahun 2009 Puji sempat mendapat penghargaan presentasi oral terbaik yang menyampaikan topik pengembangan kit deteksi marka pada beras japonica pada seminar Crops Breeding di Korea Selatan.
Karena dedikasinya dalam menulis karya ilmiah, Puji mendapat penghargaan publikasi ilmiah internasional dari LPDP, Kementerian Keuangan 2016. Tidak tanggung-tanggung ada 4 KTI internasional yang mendapat penghargaan waktu itu. Pada tahun yang sama dia mendapat Penghargaan Tanda Kehormatan Satyalancana Karya Satya X Tahun dari Presiden RI tahun 2016, yang disematkan pada 2017 lalu. Selama 2 tahun (2015 dan 2017) Puji termasuk dalam tiga besar kandidat terseleksi dalam kompetisi Science and Technology Award dari Indonesia Toray Science Foundation.
Sampai saat ini lebih dari 100 karya ilmiah telah dipublikasikan baik berupa jurnal nasional dan internasional, prosiding/news nasional/internasional maupun buku. H index google scholar lebih dari 10 tercatat pada Juni 2018 yang menunjukkan dampak positif tulisan ilmiahnya. Tulisan ilmiah yang telah diterbitkan baik sebagai penulis pertama maupun co-author melengkapi referensi jurnal-jurnal ilmiah ternama dan juga bagian dari buku internasional.
Puji juga disibukkan dengan bimbingan mahasiswa S1 sampai S3 untuk mengajarkan ilmu biologi molekuler khususnya marka molekuler. Sekaligus menjadi editor/reviewer dalam beberapa jurnal nasional maupun internasional. Selain itu, undangan narasumber bimbingan KTI di jurnal internasional menjadi bagian kegiatannya yang mendukung keahlian keilmuannya. Selain aktif meneliti, Puji dipercaya membantu program BB Biogen menjadi asisten program riset bioteknologi dan bidang peternakan serta tugas-tugas khusus lainnya untuk memperlancar kegiatan BB Biogen.