TechnologyIndonesia.id – Laboratorium Sekuensing merupakan salah satu fasilitas riset Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) yang berlokasi di Kawasan Sains dan Teknologi Soekarno, Cibinong, Jawa Barat.
Kepala Pusat Riset Komputasi BRIN Rifki Sadikin mengatakan, program dan e-layanan sains Lab Sekuensing dapat dimanfaatkan untuk mendukung riset berbasis data genom.
“Secara umum, Lab Sekuensing BRIN diarahkan untuk mendukung program akuisisi data, terutama akuisisi data genomik yang menjadi dasar analisis berdasarkan sekuens DNA/RNA,” kata Rifki dilansir technologyindonesia.id dari laman brin.go.id pada Senin (10/6/2024).
Menurutnya, fasilitas Lab Sekuensing dapat menumbuhkan komunitas riset berbasis data genom. Sampel berasal dari biodiversitas, baik mikrobial, tanaman, hewan, manusia, dan sampel lingkungan. Pihaknya mempersiapkan secara teknis bersama-sama pabrikan mesin sekuensing.
“Misalnya, kalau sekuensingnya NGS berbasis Illumina dengan Illumina langsung. Mesin sekuensing long-reads Oxford Nanopores bersama-sama Oxford Nanopores. Sehingga fasilitasi laboratorium sekuensing benar dan efisien,” terangnya.
“Harapan kami, data-data yang dihasilkan laboratorium sekuensing mendukung penambahan data sekuensing RNA/DNA pada repositori ilmiah nasional. Sehingga menjadi pondasi riset hayati, kesehatan, pertanian-pangan, dan lainnya dengan teknis analisis sekuens lanjut, genom mining, dan lain sebagainya,” tambah Rifki.
Lab Sekuensing menyediakan peralatan-peralatan terkait layanan sekuensing berbasis NGS. Terdapat dua platform Illumina dan MGI. Ada yang berbasis long reads, berbasis ONT, dan aplikasinya bisa whole genome, exome, dan lain-lain.
“Untuk layanan ekstraksi saat ini masih terbatas layanan bakteri. Tapi kemungkinan ke depan kalau memang prosesnya makin matang, kita buka untuk taksa tinggi seperti tanaman dan hewan,” imbuh Rifki.
Akses Lab Sekuensing
Lebih jauh Rifki menjelaskan beberapa alternatif untuk akses Lab Sekuensing. Pertama, ELSA reguler yang dapat diakses internal dan eksternal BRIN.
“Yang sudah berjalan, yang sudah ada di ELSA, dengan beberapa layanan termasuk Sanger, iScan-Illumina untuk genotyping, layanan sekuensing berbasis NGS Illumina, MGI dan longreads ONT,” bebernya.
Selain ELSA reguler, sudah disiapkan juga ELSA lab sekuensing berbasis pengujian kustomisasi. Sehingga pengguna dapat membayar layanan dengan ELSA poin secara patungan. Namun metode ini hanya untuk internal BRIN dan pusat kolaborasi riset.
Mekanisme ketiga adalah ELSA dengan proposal yang dikirim ke Komite Infrastruktur. Jika diterima, akan difasilitasi oleh Direktorat Pengelolaan Laboratorium BRIN. “Harapannya dengan skema-skema ini, akses ke Lab Sekuensing menjadi makin mudah,” harap Rifki.
Peneliti Pusat Riset Biosistematika dan Evolusi BRIN yang juga Manager Laboratorium Pusat Sekuensing BRIN, Anik Budhi Damayanti, memaparkan layanan sekuensing Berbasis ONT dan NGS-Illumina.
Dirinya menjelaskan beberapa fasilitas yang tersedia diantaranya adalah Fasilitas Pusat Sekuensing BRIN, meliputi ruang ekstraksi, ruang ekstraksi eDNA, ruang ekstraksi DNA, dan ruang ekstraksi RNA.
Fasilitas ini memiliki beberapa platform yang mampu menghasilkan data sekuen. Platform yang tersedia adalah genetic analyzer (applied biosystems), ilumina sequencing platforms (NovaSeq, NextSeq, MiSeq), MGI, sequencing platform and Oxford Nanopore Technologies (Promethion).
Untuk pengajuan sampel dapat diakses di laman https://elsa.brin.go.id/. Kontak laboratorium sekuensing BRIN dapat melalui email: pusatsekuensing@brin.go.id dan nomor kontak 0811 9811 577.
Laboratorium Sekuensing BRIN Dukung Riset Berbasis Data Genom
